A recomposição da mata nativa às margens do reservatório foi feita com base em um levantamento realizado em 1976, nas florestas remanescentes na região do Rio Paraná. Do trabalho nasceu o projeto Gralha Azul, que fixou as metas do programa de reflorestamento.

O estudo revelou que a margem brasileira do Rio Paraná tinha apenas 23% de matas nativas exploradas, florestas e 24,8% de matas exploradas em fase de regeneração natural, enquanto a agricultura já ocupava 50,3% das terras.
No Paraguai, a situação era completamente diferente. As florestas ocupavam 81,8% da margem e a agricultura, somente 13,1%. A área urbana praticamente não existia e os campos naturais ocupavam 5%.

A realidade das duas margens na época dos levantamentos determinou a vocação de cada uma, ficando o Paraguai concentrado nos esforços de preservação das grandes reservas existentes, enquanto o Brasil focou no intenso reflorestamento das áreas protegidas de sua margem, resultando no plantio de 24 milhões de árvores entre 1979 e 2023. 

As mudas são produzidas no Viveiro Florestal, localizado no Refúgio Biológico Bela Vista. Ali, Itaipu reproduz cerca de 130 espécies típicas da Mata Atlântica. A produção é de aproximadamente 500 mil mudas por ano.
Além de atender às necessidades das áreas protegidas da Itaipu, parte da produção de mudas é destinada a escolas, prefeituras, produtores rurais, entre outras instituições, contribuindo com a recomposição de matas ciliares e de outros espaços.

Um dos principais resultados desse trabalho é que, segundo a Fundação SOS Mata Atlântica, a Itaipu, sozinha, foi responsável por quase 30% da regeneração desse bioma ocorrida nos últimos 30 anos. Em 2024, um estudo sobre os impactos da restauração florestal na área de influência da Itaipu foi o vencedor da 6ª edição do Prêmio MapBiomas, na categoria Destaque Aplicações em Negócios.